这些非编码区虽然不能够转录信使rna

这些非编码区虽然不能够转录信使rna

2020-11-20 06:57

中国经济网深圳12月8日讯(记者杨阳腾 李小芳)中国经济网记者今日从华大基因获悉,华大基因正推出一种新型人类基因组区域捕获技术,即超级序列捕获技术(简称allinone),该技术主要通过对特定群体设计探针集,从基因组水平上对人类全基因组的外显子区域、群体特异的tagsnp(标签snp)区域和mhc区域(人类白细胞抗原系统区域)实现同步捕获,然后再进行高通量测序分析。

据悉,allinone所捕获的这些dna区域与人类疾病的发生发展紧密关联,且具有简便、经济、高效、覆盖范围广等优点,因此该技术将成为人类遗传和疾病研究领域的一种新型高效的基因组研究工具。

allinone探针集覆盖了群体特异的tagsnp区域,所以通过该技术可以高效、快捷的了解群体的特异性变异情况,这对复杂疾病研究具有非常重要的意义。单核苷酸多态性(snp)是人类基因组中最丰富的遗传变异,其中少量的标签snp(挑选出的snp集合)就能够提供与全部snp位点大致相同的图谱信息。由于各种群之间存在遗传差异性,所以每个种群也拥有代表该种群基因图谱的标签snp,只需通过这些标签snp便可以对大量样本或整个种群的变异情况进行研究。

allinone目标捕获区域还整合了华大基因最近研发的mhc区域捕获探针集,即可对人类mhc区域实现高度覆盖及有效富集。mhc区域广泛参与免疫应答的诱导与调节,与已发现包括自身免疫疾病、癌症、多种复杂疾病等至少百余种疾病密切相关。由于该区域和多种复杂疾病的发生以及人类免疫系统活动具有密切关系,因此allinone对该区域的覆盖无论对人类疾病的机理研究还是药物研发都具有非常重要的意义。

据了解,allinone探针集将会覆盖整个基因组的5%-10%,不但可以捕获基因编码区域,还可以捕获很多非编码区域。目前广泛应用的外显子测序技术可以捕获基因编码区,但是基因组中的很多功能区域是非编码的,这些非编码区虽然不能够转录信使rna,但是能够调控遗传信息的表达,所以了解非编码区域的遗传信息将提供更加完整的基因表达控制信息,而allinone平台可轻松解决这个问题。

华大基因执行院长王俊称:“目前,我们已经开始使用中国疾病患者的样本对汉族人群的allinone捕获技术进行测试评估。只要建立一个‘种群特异性’的参考基因组,就可以应用allinone捕获技术对其他更多的样本进行重测序研究。除了针对汉族人群的allinone,华大基因还将针对世界其它主要人群设计及推出相应人群的allinone研究工具,从而推动全世界的基因组学研究的快速发展。”

华大基因研究人员高玉池表示:“目前,我们所研发的allinone的总体目标区域大小为180m左右,可以广泛应用于以汉族人群或汉族近缘群体为研究对象的基因组学研究。”对该技术的测试评估结果表明,目标区域覆盖度达到97%以上,检测的snp位点与高深度全基因组测序结果一致性率在99.5%以上。此外,华大基因还在研发更加多样化的高级信息分析内容,以更好的解释基因组数据的生物学意义。高玉池表示:“我们相信allinone凭借其数据全面性、操作灵活性、高性价比等多方面优势将成为人类疾病基因组学、表型-基因型关联研究及其它人类遗传学研究的最佳工具。”